因为水间月在群马呆了三个月的关系，柯南这边的主线有了突飞猛进的发展，现在给大家贴一段这三个月被折纸直接跳过的主线剧情……当然全都是网上复制粘贴的……
柯南发现电视台女主播水无怜奈是黑衣组织成员，并且有一个弟弟。水无怜奈在行动中受伤昏迷，被fbi送入杯户中央医院控制了起来。vermouth通过事后调查得知了水无昏迷住院的消息。同时，一位和水无长得很像的男生本堂瑛调入兰的中学，一些行为与水无怜奈相似，引起柯南注意。
在中，水无怜奈和本堂瑛的身份揭晓。水无怜奈是cia在组织中的卧底，本堂瑛是她的弟弟。柯南在杯户中央医院发现了假装患者住院的黑衣组织成员楠田陆道。不幸因fbi打草惊蛇，楠田陆道自杀身亡，尸体下落不明。gin等人也因此推测出了水无住院的地点。在水无怜奈的住院地点暴露给组织之后，柯南、赤井和已经醒来的水无进行合作，让fbi探员安德烈卡迈尔开车运送水无出医院，水无假装袭击卡迈尔，回到组织，以进一步取得组织信任。
另外，我们也得知赤井秀一过去是宫野明美的男友，潜入组织后表现出色，可惜因为fbi探员卡迈尔的失误，导致赤井秀一身份暴露，宫野明美被组织杀害。
水无回到组织后，组织头目命令她杀害赤井秀一。水无成功枪杀了赤井，并引爆其尸体。尸体烧剩下的右手指纹通过与柯南手机上留下的指纹对比，证实死者是赤井秀一。
对决之后，本堂瑛拒绝了fbi的证人保护计划，推理出了柯南的真实身份，并且打算加入cia与组织斗争。同时，柯南仿佛对赤井秀一“殉职”的消息并不感到惊慌。
水无怜奈提供了新情报一个代号bourbon的黑衣组织成员已经出动，其目标很有可能是灰原。之后，三位身份可疑的人物相继出场冲矢昴、世良真纯和安室透。
而时隔三个月，现在的主线剧情已经是是世良真纯的刚出场了几集，安室透还没有出场的位置。